Düngeempfehlungen unter Berücksichtigung der neuen Düngeverordnung finden Sie auf gesonderten Seiten.
Der Winterroggen wird von verschiedenen Schaderregern befallen. Die Saatgutbeizung richtet sich insbesondere gegen Schneeschimmel und Roggenstängelbrand.
Von Ungräsern hat im Winterroggen der Windhalm die größte Bedeutung. Die Unkrautbekämpfung richtet sich vorrangig gegen Kamille, Vogelmiere, Ehrenpreis, Ackerstiefmütterchen sowie Klettenlabkraut. Die wichtigsten Pilzkrankheiten sind der Echte Mehltau, Rhynchosporium-Blattflecken sowie der sehr ertragsrelevante Braunrost. In einzelnen Jahren kann auch relativ spät noch Schwarzrost auftreten.
Als Schädlinge sind besonders die Thripse (auch als Blasenfüße oder Fransenflügler bezeichnet) von Bedeuteung. Der Einsatz von Wchstumsreglern spielt im Winterroggen eine wichtige Rolle.
Folgende Pflanzenschutzmittel können eingesetzt werden. Die Tabellen ersetzen jedoch nicht die genaue Beachtung der jeweiligen Gebrauchsanleitung: