In der Landwirtschaft werden zunehmend verschiedene Abfallstoffe als Düngemittel oder zur Bodenverbesserung eingesetzt. Dabei werden einerseits Kosten für Düngemittel eingespart, andererseits trägt die Verwertung von Abfällen zur Schonung knapper Ressourcen bei. Dem entsprechend gibt das Kreislaufwirtschaftsgesetz der stofflichen Verwertung von Abfällen den Vorrang vor einer thermischen Verwertung oder einer Beseitigung. Da Abfallstoffe auch mit Schadstoffen oder anderen unerwünschten Nebenbestandteilen belastet sein können, gelten für die Verwertung von Abfällen in der Landwirtschaft strenge Vorschriften verschiedener gesetzlicher Regelungen, die einzuhalten sind und die behördlich überwacht werden. Neben den übergeordneten Regelungen des Kreislaufwirtschaftsgesetz sind das insbesondere die Klärschlammverordnung (AbfKläV), die Bioabfallverordnung (BioAbfV), das Düngegesetzt ( DüngG) mit der Düngeverordnung (DüngV) und der Düngemittelverordnung (DüngMV) sowie das Bundesbodenschutzgesetz (BBodSchG)  und die Bundesbodenschutzverordnung (BBodSchV).  

In zahlreichen Fällen, vor allem, wenn sich bei bestimmten Abfällen die verschiedenen rechtlichen Regelungen   überschneiden, ist die Verwertung dieser Abfälle nur nach einer fachlichen beziehungsweise fachrechtlichen Prüfung durch die Landwirtschaftliche Fachbehörde zulässig. Diese Aufgabe als Landwirtschaftliche Fachbehörde ist der Landwirtschaftskammer nach Landesrecht übertragen worden. Das Ziel ist es, möglichst schon im Vorwege auf Probleme durch fehlerhafte Düngung oder unerwünschte Schadstoffeinträge über die Abfallverwertung in den Stoffkreislauf  hinzuweisen und gegebenenfalls eine Verwertung zu unterbinden. Dabei hat im Sinne eines umfassenden Boden- und Verbraucherschutzes der Vorsorgegedanke Vorrang vor dem Verwertungsgebot des Abfallrechts.

Die landwirtschaftliche Fachbehörde steht für alle die Landwirtschaft betreffenden fachlichen und verwaltungsrechtlichen Fragen des Abfallrechts und die damit verbundenen Fragen im Überschneidungsbereich zum Bodenschutzrecht und zum Düngemittelrecht zur Verfügung. 

Ein wesentlicher Arbeitsschwerpunkt in der Landwirtschaftlichen Fachbehörde ist die Führung des Klärschlammkatasters. Darin werden alle angemeldeten landwirtschaftlichen Klärschlammverwertungen in Schleswig-Holstein einer fachlichen Prüfung unterzogen und dokumentiert. Die Ergebnisse dieser Prüfungen ob eine Verwertung schadlos und rechtskonform möglich ist, sind Grundlage für die Entscheidungen der vor Ort zuständigen Unteren Abfallbehörden bei den Kreisen. Diese erteilen soweit erforderlich entsprechende Auflagen oder Untersagungen und überwachen die Einhaltung weiterer Rechtsvorschriften. 

Die Einführung der Bioabfalltonnen und die zunehmende Erfassung von Grünabfällen hat den Anfall von Komposten stark ansteigen lassen. Dem entsprechen hat auch die Verwertung von Bioabfallkomposten in der Landwirtschaft zugenommen. Der rechtliche Rahmen ist dabei durch die Bioabfallverordnung vorgegeben. Wegen der unterschiedlichen Herkunft und der unterschiedlichen Beschaffenheit der Bioabfälle sind häufig Einzelfallprüfungen durch die Landwirtschaftliche Fachbehörde erforderlich. Auch hierbei steht der Schutz des Bodens und der Nahrungsmittel vor schädlichen Belastungen im Vordergrund. Die Regelungen der Bioabfallverordnung gelten auch für Biogasanlagen, die nicht nur nachwachsende Rohstoffe oder Gülle sondern auch Abfälle verarbeiten. Hier wird vor allem geprüft, ob die Gärreste auch nach Zugabe dieser Abfallstoffe weiterhin schadlos als Düngemittel landwirtschaftlich verwertet werden können.