Neben den systematischen Kontrollen, die  nach einem jährlich neu festzulegenden Kontrollkonzept mit unterschiedlichen Schwerpunkten stattfinden, werden  auch sogenannte Anlasskontrollen durchgeführt. Diese Kontrollen dienen der Aufklärung von offensichtlichen oder vermuteten Verstößen gegen das Pflanzenschutzgesetz und werden häufig von der Polizei und den Kreisen, aber auch von Privatpersonen gemeldet.

Die systematischen Kontrollen umfassen u.a. Betriebskontrollen auf landwirtschaftlich oder gärtnerisch geführten Betrieben, die Überprüfung von Pflanzenschutzgeräten im Einsatz aber auch die ordnungsgemäße Anwendung von Pflanzenschutzmitteln.

Bei den Anwendungskontrollen liegt der Schwerpunkt neben der Beachtung der richtigen Indikation auch auf der Überprüfung der Einhaltung von Abstandsauflagen zu angrenzenden Gewässern sowie der Einhaltung der Vorgaben des Bienenschutzes. Durch die Analyse von Boden oder Pflanzenproben können die durchgeführten Pflanzenschutzmittelanwendungen  nachvollzogen und auf Einhaltung der Anwendungsgebiete und Anwendungsbestimmungen überprüft werden.

Bei den Betriebskontrollen werden folgende Bereiche überprüft:

• Zulassungssituation der auf dem Betrieb vorhandenen Pflanzenschutzmittel
• Sichtkontrolle des Pflanzenschutzmittellagers
• Kontrolle der Prüfplakettenpflicht für Pflanzenschutzgeräte
• Sachkunde des Anwenders von Pflanzenschutzmitteln
• Kontrolle der Aufzeichnungspflicht
• Anzeigepflicht gemäß § 10 PflSchG
• Ort der Pflanzenschutzgerätereinigung
• Einsatz von Pflanzenschutzmittel auf Hof- und Betriebsflächen

Verstöße gegen die hier genannten Vorschriften können als Ordnungswidrigkeiten mit einem Bußgeld geahndet werden. Im Rahmen der Cross Compliance Vorgaben müssen bei Nichteinhaltung der Bestimmungen nach dem Pflanzenschutzgesetz zusätzlich auch Kürzungen der Flächenprämien in Kauf genommen werden.