Düngeempfehlungen unter Berücksichtigung der neuen Düngeverordnung finden Sie auf gesonderten Seiten.
Vor der Aussaat erfolgt in der Regel eine Beizung des Saatgutes mit dem Ziel, samenbürtige Pilzkrankheiten zu erfassen. Hierzu zählen z. B. Weizensteinbrand und Weizenflugbrand, Schneeschimmel und Fusarium-Arten und die Schwarzbeinigkeit. Die wichtigsten Ungräser sind der Windhalm und der Ackerfuchsschwanz. Bei pfluglosen Bestellverfahren spielen auch Trespenarten eine zunehmende Rolle. Problematische Unkräuter sind Kamille, Vogelmiere, Ehrenpreis, Ackerstiefmütterchen sowie das Klettenlabkraut. Von den pilzlichen Blattkrankheiten sind vor allem die Septoria-Blattdürre, Echter Mehltau sowie Braunrost, Gelbrost und DTR-Blattdürre zu nennen. In einzelnen Jahren sind auch Ährenfusariosen von Bedeutung. Auch Schädlinge müssen beim Anbau von Winterweizen beachtet werden. Blattläuse können Ertragsverluste durch ihre Saugtätigkeit verursachen. Außerdem sind sie als Überträger von Viruskrankheiten wie dem Gelbverzwergungsvirus von Bedeutung. Weitere relevante Schädlinge sind die Sattelmücke sowie die Gelbe und die Orangerote Weizengallmücke und das Getreidehähnchen.
Zur Verhinderung von Lager ist die Anwendung von Wachstumsreglern eine sehr wichtige produktionstechnische Maßnahme.
Folgende Pflanzenschutzmittel können eingesetzt werden. Die Tabellen ersetzen jedoch nicht die genaue Beachtung der jeweiligen Gebrauchsanleitung: