Im Rahmen der Saatgutverkehrskontrolle wird im Handel befindliches Saatgut auf die Einhaltung der gesetzlichen Mindestnormen überprüft. Hierzu werden Proben bei einer Vielzahl von Händlern genommen und im Saatgutlabor der LUFA-ITL GmbH in Kiel untersucht. Die Ergebnisse werden an die Anerkennungsstelle weitergeleitet, die diese dann auswertet. Die entnommenen Proben werden nach den gleichen Kriterien untersucht wie im amtlichen Anerkennungsverfahren.

Nicht nur der Inhalt, auch die Verpackung, Verschließung und Etikettierung werden sorgfältig geprüft. Alle gesetzlich vorgeschriebenen Angaben müssen auf dem Etikett bzw. der Saatgutverpackung vorhanden sein, so dass nachvollziehbar ist, woher das Saatgut stammt und um was für Saatgut es sich handelt.

Die Bundesländer arbeiten eng zusammen, informieren sich gegenseitig über kontrollierte Partien und deren Untersuchungsergebnisse und ahnden gegebenenfalls Verstöße als Ordnungswidrigkeiten.