Eine hohe Qualität von Gehölzen ist für Baumschuler und Endverbraucher von großer Bedeutung. Zu den relevanten Eigenschaften zählen dabei eine gute Winterhärte, hoher Zierwert sowie die Resistenz gegen Krankheiten. Zur Qualitätsprüfung sind auf Landes-, Bundes- und EU-Ebene verschiedenen Prüfsysteme etabliert, an denen das Baumschulkompetenzzentrum in Ellerhoop maßgeblich beteiligt ist. Hierzu zählen:

Hier ist das Kompetenzzentrum einer von 14 bundesweiten Prüfstandorten, an dem gegenwärtig 3 Sortimente (Ilex, Mahonien, Wisterien) auf ihre Qualität geprüft werden. Die bundesweite Koordination des Arbeitskreises Bundesgehölzsichtung erfolgt durch Dr. Andreas Wrede, Landwirtschaftskammer (Kontaktdaten siehe unten).

Im Rahmen der in Kooperation mit den zuständigen Stellen in Belgien, Finnland, Frankreich, Großbritannien, Holland, Irland und Österreich durchgeführten EUROTRIAL-Sichtung werden in Ellerhoop von der Landwirtschaftskammer gegenwärtig Sortimente aus 63 Hibiscus Sorten (in Deutschland nur in Ellerhoop) und über 30 Physocarpus-Sorten (in Deutschland nur in Ellerhoop und Weihenstephan) geprüft. Weitere deutsche Standorte dieser europaweiten Sichtung sind das Bundessortenamt in Hannover und die Hochschule Weihenstephan-Triesdorf.

Für die ADR-Rosenprüfung ist das Kompetenzzentrum einer von 11 bundesdeutschen Prüfstandorten, an dem jährlich 50 Neuzüchtungen von Rosen aufgepflanzt werden, um diese für die Dauer von 3 Jahren zu prüfen.

Ohne weitere Kooperationen prüft die Landwirtschaftskammer im Kompetenzzentrum für Baumschule im Rahmen der Landesgehölzsichtung ein Sortiment aus Kirschlorbeer, ergänzt um einige Sorten des portugiesischen Lorbeer (Prunus lusitanica), Liguster-Sorten und Säulenäpfeln auf ihre Qualitätseigenschaften.
Ein besonderes Augenmerk der Prüfung des Kirschlorbeer-Sortiments, dass aus 43 Sorten besteht, ist die Ermittlung der unterschiedlichen Sensitivität der Sorten gegenüber Natrium im Gießwasser. Bei vielen Kirschlorbeer-Sorten führt Natrium zu sehr unschönen Blattrandnekrosen, die den Zierwert und damit auch Verkaufswert der Pflanzen stark vermindert.

Außerdem wird im Rahmen der Landesgehölzsichtung das Ausbreitungspotential von über 50 Sorten des Sommerflieders (Buddleja davidii) geprüft, der von vielen behördlichen Stellen als invasive Gehölzart eingestuft wird. Hier sollen Sorten identifiziert werden, die bei einem hohen Zierwert ein möglichst geringes Ausbreitungspotential, sprich Invasivität, aufweisen.