Es bereichert das Nahrungsangebot, zum Beispiel für Vögel, und leistet somit einen positiven Beitrag zur Biodiversität. Bei der landwirtschaftlichen Nutzung jedoch muss Obacht gegeben werden, da die Pflanzen bestimmte Inhaltsstoffe enthalten, deren Abbauprodukte bei einer hohen Aufnahme für weidende Tiere giftig sind.

Vor allem auf extensiven Grünlandflächen sollte der starken Ausbreitung des Jakobskreuzkrautes entgegengewirkt werden, sofern eine Beweidung oder Verfütterung des Grases angestrebt wird. Das bedeutet, dass  Handlungsbedarf besteht: Einzelpflanzen ausstechen, mit der Wurzel ausreißen oder regelmäßiges Abmähen der Pflanzen vor ihrer Samenreife. Diese Maßnahmen sind nach dem Motto: „Wehret den Anfängen“ die nachhaltigsten und effektivsten Methoden, das Jakobskreuzkraut in Schach zu halten. Werden diese nicht angewandt, bleibt als letzter Ausweg nur die chemische Bekämpfung mit Herbiziden. Sofern auf Naturschutzflächen eingegriffen werden soll, ist dies mit der zuständigen Behörde oder Institution abzuklären, denn die Bekämpfungsmaßnahmen können den Erhaltungszielen der Naturschutzflächen entgegenstehen.